¿Shakers aplica retención de IRPF en mis facturas? ¿Puedo elegir el porcentaje?

Sí. El IRPF solo aplica a autónomos personas físicas, no a sociedades.

El tipo general es del 15%. Puedes aplicar el tipo reducido del 7% únicamente si eres nuevo autónomo profesional: en el año de alta y los dos ejercicios siguientes, siempre que no hayas estado dado de alta en una actividad profesional el año anterior. Pasados esos 3 años, o si no cumples el requisito, aplica el 15%.