Al tener más clientes, las facturas no serían correlativas si las emitís en nombre de mi empresa, ¿no?

La normativa dice que puedes usar tantas series como consideres, siempre que sea correlativas en fecha y número. Por lo tanto, con la serie generada por Shakers, estás cumpliendo la normativa, y puedes seguir usando tus propias series con el resto de clientes.